2006年世界杯与意大利队第一次登上世界巅峰，他在中场的组织和远射成为意大利最终捧杯的关键。开赛打加纳是他打入第一个进球，而与法国的决赛皮尔洛角球助攻马特拉齐打入意大利最后一个进球，也是1比1追平之球。点球大战，皮尔洛第一个操刀命中，拉开了意大利5个点球全中夺冠的序幕。该届世界杯皮尔洛最终名列齐达内和卡纳瓦罗之后当选最佳球员第三名，并在该年度金球奖评选中名列第9。